Phòng thí nghiệm sinh học phân tử – cách xây dựng phòng Lab chuẩn
Phòng thí nghiệm sinh học phân tử
(phòng thí nghiệm PCR) nên chia thành 2 khu vực riêng biệt: 1 cho các
bước chuẩn bị mẫu trước PCR, 1 cho các bước phân tích sau khi chạy PCR.
Hai khu vực này tốt nhất là nên nằm tách rời ở 2 phòng riêng biệt. Trong
trường hợp không gian bị giới hạn, chỉ cần tách các tủ an toàn sinh học
dùng cho PCR ra 1 phòng riêng. Tất cả các trang thiết bị và vật dụng
phải dùng riêng cho từng khu vực, không được mang qua lại từ khu này
sang khu khác.
Phòng thí nghiệm sinh học phân tử
Phòng thí nghiệm thực hiện phản ứng PCR:
Phòng thí nghiệm thực hiện PCR dùng trong chẩn đoán các mẫu bệnh phẩm nên được tách thành 3 khu vực trong 3 phòng riêng biệt:
1. Chuẩn bị hóa chất (duy trì áp suất trong phòng cao hơn áp suất môi trường bên ngoài để tránh bị tạp nhiễm từ các nguồn bên ngoài phòng)
2. Chuẩn bị mẫu (duy trì áp suất trong phòng thấp hơn áp suất môi trường bên ngoài để giữ các DNA template bên trong phòng)
3. Khuếch đại và phát hiện sản phẩm (duy trì áp suất trong phòng thấp hơn môi trường bên ngoài để giữ các
nucleic acids khuếch đại bên trong phòng)
Làm việc trong phòng thí nghiệm PCR:
Nên tuân thủ theo quy trình làm việc 1 chiều (bên dưới) để giảm thiểu tối đa khả năng tạp nhiễm
Phòng chuẩn bị hóa chất
Chuẩn bị PCR master mix, chia nhỏ master mix
↓
Phòng chuẩn bị mẫu
(a) Sơ chế mẫu (b) Tách chiết nucleic acids
(c) Cho mẫu vào trong master mix đã được chia theo từng tube
↓
Phòng khuếch đại và phát hiện sản phẩm
(a) Chạy PCR (real-time PCR) trên máy luân nhiệt (b) Phát hiện sản phẩm
i. Điện di trên gel (PCR thường)
ii. Quan sát & phân tích kết quả trên máy (real-time PCR)
Thiết bị của phòng thí nghiệm PCR:
Để đảm bảo cho các bước trước PCR và sau khi chạy PCR được tách biệt,
mỗi phòng cần có các thiết bị, hóa chất, dụng cụ… riêng và chỉ được sử
dụng các vật dụng này trong phòng đó
1. Máy PCR/real-time PCR: Dùng riêng cho phòng khuếch đại
2. Máy ly tâm (centrifuge): Sử dụng máy ly tâm riêng cho chuẩn bị mẫu
(tách chiết acid nucleids…) và phòng chuẩn bị hóa chất (optional)
3. Máy ly tâm kéo mẫu (spindown): Sử dụng riêng máy spindown cho
phòng chuẩn bị hóa chất, phòng chuẩn bị mẫu, phòng khuếch đại và phát
hiện sản phẩm
4. Máy trộn mẫu (vortex mixer): Sử dụng riêng máy vortex cho phòng
chuẩn bị hóa chất, phòng chuẩn bị mẫu, phòng khuếch đại và phát hiện sản
phẩm
5. Bộ điện di DNA (
DNA gel electrophoresis): Dùng để phát hiện sản phẩm sau khi chạy PCR, multiples PCR, RT-PCR…
6. Pipettes: Sử dụng riêng các bộ pipette cho phòng chuẩn bị hóa
chất, phòng chuẩn bị mẫu, phòng khuếch đại và phát hiện sản phẩm
7. Tủ thao tác / tủ an toàn sinh học (
Biological safety cabinets): Nên sử dụng tủ thao tác phù hợp với nhu cầu của phòng thí nghiệm (theo thiết kế của nhà sản xuất)
|
Loại tủ
|
Đèn UV
|
Hệ thống khí
|
Mục đích sử dụng
|
|
|
PCR cabinet (Type A)
|
Có
|
Không
|
Chỉ dùng cho bước chuẩn bị hóa chất
|
|
|
|
PCR cabinet (Type B)
|
Không
|
Lọc khí vào
|
Không nên dùng cho các bước chuẩn bị của PCR
|
|
|
|
PCR cabinet (Type C) /Laminar-flow hood
|
Có
|
Lọc khí vào
|
Chỉ dùng cho bước chuẩn bị hóa chất
|
|
|
|
Tủ an toàn sinh học cấp I (Class I biological safety cabinet)
|
Có
|
Lọc khí thải ra
|
Không nên dùng cho các bước chuẩn bị của PCR
|
|
|
|
|
Tủ an toàn sinh học cấp II, III (Class II or III biological safety cabinet)
|
Có
|
Lọc khí vào và lọc khí thải ra
|
Dùng cho tất cả các bước của PCR
|
|
|
|
8. Tủ mát có ngăn đông (
Refrigerator):
Dùng cho phòng khuếch đại và phát hiện sản phẩm để giữ các hóa chất cho
điện di, các dung dịch đang sử dụng (working solution), các sản phẩm
PCR sau khi đã khuếch đại.
9. Tủ âm (
freezer) (-20
oC):
- Dùng riêng cho phòng chuẩn bị hóa chất để giữ các hóa chất PCR sạch, buffer, dNTPS,
primers…
- Dùng riêng cho phòng chuẩn bị mẫu để giữ mẫu gốc, nucleic acids sau khi tách chiết.
- Bảo quản trong thời gian dài nên sử dụng tủ đông sâu (-80
oC) (optional)
10. Cân kỹ thuật (4 số lẻ): Dùng riêng cho phòng chuẩn bị hóa chất và phòng phát hiện sản phẩm
11. Máy khuấy từ: Dùng riêng cho phòng chuẩn bị hóa chất
12. Máy đo pH: Dùng riêng cho phòng chuẩn bị hóa chất
13. Lò vi sóng: Dùng riêng cho phòng phát hiện sản phẩm
14. Máy đọc và chụp ảnh gel (hoặc bàn đèn UV): Dùng riêng cho phòng phát hiện sản phẩm
VẬT TƯ TIÊU HAO:
1.
Pipette tips:
- Có thể dùng đầu tip có lọc để tránh nhiễm chéo
- Tip dùng cho PCR phải vô trùng, RNase-free, DNase-free, pyrogen-free
2. Tube đựng mẫu (1.5 mL) và tube PCR (0.2 mL)
- Tube dùng cho phòng thí nghiệm PCR nên là polypropylene tubes,
DNase-, RNase-, pyrogen-free. Tube 0.2 mL dùng cho chạy máy luân nhiệt
nên là tube vách mỏng (thin-wall)
3. Găng tay phòng thí nghiệm: Nên sử dụng găng tay không bụi, dùng
găng tay trong tất cả các thao tác trong phòng thí nghiệm PCR. Nên thay
găng tay khi chuyển từ khu vực phòng này sang phò
ng khác (phòng chuẩn bị hóa chất –> chuẩn bị mẫu –> khuếch đại…)
4. Dụng cụ thủy tinh: Nên sử dụng loại có thể hấp khử trùng
5. Giá để tube (
rack) – nhiệt độ phòng & lạnh
Phòng thí nghiệm PCR: danh mục thiết bị
|
STT
|
Tên thiết bị |
Số lượng tối thiểu
|
| PHÒNG CHUẨN BỊ HÓA CHẤT |
|
1
|
Cân kỹ thuật (4 số lẻ) |
1
|
|
2
|
Máy khuấy từ |
1
|
|
3
|
Máy đo pH |
1
|
|
4
|
Tủ thao tác / tủ an toàn sinh học |
1
|
|
5
|
Tủ âm (freezer) (-200C) |
1
|
|
6
|
Máy ly tâm kéo mẫu (spindown) |
1
|
|
7
|
Máy trộn mẫu (vortex mixer) |
1
|
|
8
|
Pipettes |
1 bộ
|
|
| PHÒNG CHUẨN BỊ MẪU |
|
1
|
Cân kỹ thuật |
1
|
|
2
|
Tủ thao tác / tủ an toàn sinh học |
1
|
|
3
|
Tủ âm (freezer) (-200C) |
1
|
|
4
|
Tủ đông sâu (deep freezer) (-800C) |
Optional
|
|
5
|
Máy ly tâm (centrifuge) |
1
|
|
6
|
Máy ly tâm kéo mẫu (spindown) |
1
|
|
7
|
Máy trộn mẫu (vortex mixer) |
1
|
|
8
|
Pipettes |
1 bộ
|
|
| PHÒNG KHUẾCH ĐẠI VÀ PHÁT HIỆN MẪU |
|
1
|
Máy PCR / real-time PCR |
1 /1
|
|
2
|
Máy ly tâm kéo mẫu (spindown) |
1
|
|
3
|
Máy trộn mẫu (vortex mixer) |
1
|
|
4
|
Tủ mát có ngăn đông (Refrigerator) |
1
|
|
5
|
Cân kỹ thuật (tối thiểu 4 số) |
1
|
|
6
|
Lò vi sóng |
2
|
|
7
|
Bộ điện di DNA (DNA gel electrophoresis) |
1-2
|
|
8
|
Pipettes |
1 bộ
|
|
9
|
Máy đọc và chụp ảnh gel ( hoặc bàn đèn UV) |
1
|
|
| VẬT DỤNG TIÊU HAO |
|
1
|
Pipette tips |
x
|
|
2
|
Tube đựng mẫu (1.5 mL) và tube PCR (0.2 mL) |
x
|
|
3
|
Găng tay phòng thí nghiệm |
x
|
|
4
|
Dụng cụ thủy tinh |
x
|
|
5
|
Giá để tube (rack) – nhiệt độ phòng & lạnh | | | s | |
x
|
